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PPD_0001VBF.1

YFV/Colombia/LET-1450/2023-04-11
L. S. Perez-Restrepo, K. Ciuoderis, J. Usuga, I. Moreno, V. Vargas, A. J. Arevalo-Arbelaez, C. Alvarez, M. Gonzalez-Ramirez, J. P. Hernandez-Ortiz, J. E. Osorio, L. J. Perez, M. G. Berg & G. A. Cloherty

Universidad Nacional de Colombia, Laboratorio Genomico One Health

Sample details

Collection date
2023-04-11
Sampling location
Colombia
Isolate name
LET-1450

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-03-11 17:19insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade

Clade
Clade VII

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-09-23
NCBI update date
2024-09-23

Host

Host
Host name - scientific
Homo sapiens

Submission details

Submission ID
PP477075.1
Submitting group
Date submitted
2026-03-11 17:19:28 UTC
Date released
2026-03-11 17:40:06 UTC
Earliest release date
2024-09-23

Alignment and QC

Length
10654 (98.7%)
# of SNPs
1569
# of inserted bases
1
# of deleted bases
68
# of unknown bases
3

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_002031.1 reference

Substitutions

  • A80G
  • A117T
  • C118A
  • A166T
  • G171A
  • T178C
  • C226T
  • T247C
  • C262T
  • C280T
  • A281G
  • T284C
  • A294G
  • A295G
  • C301T
  • A304T
  • C307T
  • C310T
Deletions

10382-10415, 10427-10429, 10434-10463, 10524
Insertions

ins_10661:A

Amino acid mutations

Mutations called relative to the NC_002031.1 reference

Substitutions

2K

  • 2K:S1T
  • 2K:A20V

C

  • C:R18Q
  • C:I55V
  • C:K59R
  • C:R67K
  • C:K70R
  • C:A79V
  • C:R82K

E

  • E:R52G
  • E:V56A
  • E:N62S
  • E:H67Q
  • E:N90H
  • E:T154A
  • E:V170A
  • E:I173T
  • E:G191S
  • E:T200K
  • E:R243K
  • E:D270G
  • E:N271S
  • E:I299M
  • E:F305S
  • E:V318A
  • E:S325P
  • E:I335M

M

  • M:F36L
  • M:T48A

NS1

  • NS1:V96I
  • NS1:K120R
  • NS1:I177M
  • NS1:A218T
  • NS1:E240D
  • NS1:I286V
  • NS1:I287V
  • NS1:N290G
  • NS1:V307I
  • NS1:E342D

NS2a

  • NS2a:I3V
  • NS2a:V20F
  • NS2a:R22K
  • NS2a:K23R
  • NS2a:M30I
  • NS2a:V35I
  • NS2a:T55V
  • NS2a:V118M
  • NS2a:T147A
  • NS2a:L165I
  • NS2a:A167T
  • NS2a:F169L
  • NS2a:A172T
  • NS2a:F183S
  • NS2a:L216M

NS2b

  • NS2b:I32V
  • NS2b:L37I
  • NS2b:V42I
  • NS2b:A45T
  • NS2b:K54R
  • NS2b:V97I
  • NS2b:L109I
  • NS2b:L115M
  • NS2b:F123L
  • NS2b:R126K

NS3

  • NS3:T10A
  • NS3:K12T
  • NS3:I14V
  • NS3:I68V
  • NS3:S70T
  • NS3:V103A
  • NS3:V173A
  • NS3:K178R
  • NS3:V195I
  • NS3:R259K
  • NS3:R397K
  • NS3:N485D
  • NS3:V515I
  • NS3:K535R
  • NS3:K594R
  • NS3:S613A

NS4a

  • NS4a:H32N
  • NS4a:I58V
  • NS4a:V107I
  • NS4a:I119V

NS4b

  • NS4b:S25A
  • NS4b:S28N
  • NS4b:A71T
  • NS4b:M95I
  • NS4b:V98I
  • NS4b:S121T
  • NS4b:E145K
  • NS4b:H232Y

RdRPol

  • RdRPol:S2R
  • RdRPol:R22Q
  • RdRPol:D38E
  • RdRPol:I78T
  • RdRPol:R107K
  • RdRPol:D108E
  • RdRPol:S152P
  • RdRPol:V162M
  • RdRPol:A173G
  • RdRPol:D177E
  • RdRPol:N178S
  • RdRPol:L197M
  • RdRPol:V229I
  • RdRPol:I258V
  • RdRPol:K275R
  • RdRPol:E276A
  • RdRPol:M290T
  • RdRPol:T291A

prM

  • prM:N7S
  • prM:Y39N
  • prM:F125L
  • prM:T137A
Deletions
N/A
Insertions
N/A

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