This is the main branch

PPD_0010Y5R.1

Display Name: Spain/PPD_0010Y5R.1/2022-07-01
Munoz-Barrera, A.; Ciuffreda, L.; Alcoba-Florez, J.; Rubio-Rodriguez, L. A.; Rodriguez-Perez, H.; Gil-Campesino, H.; Garcia-Martinez de Artola, D.; Salas-Hernandez, J.; Rodriguez-Nunez, J.; Inigo-Campos, A.; Garcia-Olivares, V.; Diez-Gil, O.; Gonzalez-Montelongo, R.; Valenzuela-Fernandez, A.; Lorenzo-Salazar, J. M.; Flores, C.

Submission details

Submission ID
OQ581847.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2025-04-02 08:03:12 UTC
Date released
2025-04-02 08:43:07 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-04-02 08:04insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
Instituto Tecnologico y de Energias Renovables (ITER), Genomics Division

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
B.1.10
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
99.28%
Length
197189
Stop codons
OPG205:363
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
6
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
2
Total SNPs
83
Total stop codons
1
Total unknown nucs
1401

Sample details

Earliest release date
2023-03-13
Collection country
Spain
Collection date
2022-07-01
Collection date (lower bound)
2022-07-01
Collection date (upper bound)
2022-07-01
Isolate name
MPXV/Spain/HUNSC_ITER_0005b/2022

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

INSDC

INSDC accession
OQ581847.1
NCBI release date
2023-03-13
NCBI update date
2023-03-13

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
  • G37202A
  • G38360A
    • Deletions
    607-609, 196615-196617
    Insertions
    ins_157080:N, ins_150585:G

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG063

  • OPG063:L79P

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG085

  • OPG085:V588G

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:E238V
  • OPG109:H740Y

    • OPG110

  • OPG110:S92F
  • OPG110:D147N

    • OPG115

  • OPG115:E47K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG123

  • OPG123:A249V

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:G31R
  • OPG150:S307L

    • OPG160

  • OPG160:S70Y

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG205

  • OPG205:L363*

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue