This is the main branch

PPD_001UFX0.1

Display Name: Democratic_Republic_of_the_Congo/PPD_001UFX0.1/2023-11-23
E. Kinganda Lusamaki, A. Amuri Aziza, G. Luakanda Ndelemo, E. Hasivirwe Vakaniaki, N. Fernandez Nunez, C. B. Pratt, P. Akil Bandali, J.-C. Makangara Cigolo, N. A. Hoff, S. Sabiti Nundu, N. Mulopo Mukanya, M. Ngimba, B. Modrada Madakpa, R. Diavita, P. Paku Tshambu, E. Pukuta Simbu, S. Merritt, A. O'Toole, N. Low, A. Nkuba Ndaye, H. Kavunga Membo, R. Shongo, E. Malembi, T. Kalonji, ..., S. Ahuka Mundeke

Sample details

Collection date
2023-11-23
Country
Democratic Republic of the Congo
Admin level 1
Tshopo,Yakusu
Isolate name
23MPX0073C

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-11-25 14:50insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ia
Outbreak
None
Lineage
None

Authors

Author affiliations
Institut National de Recherche Biomedicale, Pathogen Genomic Laboratory

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-10-16
NCBI update date
2024-10-21

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
196643
Completeness
93.98%
# of SNPs
768
# of inserted bases
2702
# of deleted bases
3110
# of ambiguous bases
15
# of unknown bases
11702
# of frame shifts
4
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667)

Submission details

Submission ID
PQ221609.1
Submitting group
Date submitted
2025-11-25 14:49:33 UTC
Date released
2025-11-25 15:00:32 UTC
Earliest release date
2024-10-16

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • T128C
  • A134C
  • A204C
  • C6904T
  • T7005C
  • G7205A
  • G7410A
  • T7411C
  • T7648C
  • C7756A
  • T7810C
  • T7950G
  • A8066G
  • G8277A
  • C8286T
  • C8603A
  • T8694G
  • A8810G
    • Deletions
    1701, 1702, 4842-4922, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8471, 8499, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15747, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46596, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132813, 133088-133102,...
    Insertions
    ins_6256:TT, ins_6527:T, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8608:ATATATATATATAT, ins_9264:A, ins_9568:TT, ins_10453:TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16407:GTGT, ins_18902:GGCTGCCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTAGTTGTATGAGTGTATGATCTTTTAAGCCGCT...

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D
  • OPG005:M131I

    • OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E

    • OPG019

  • OPG019:M124R

    • OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

    • OPG022

  • OPG022:G73D

    • OPG023

  • OPG023:A90V
  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG024

  • OPG024:S32G

    • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

    • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:F79L
  • OPG027:V126I

    • OPG029

  • OPG029:C146R

    • OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N

    • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K

    • OPG034

  • OPG034:L205R

    • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:D25E

    • OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R

    • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

    • OPG039

  • OPG039:C279Y

    • OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

    • OPG043

  • OPG043:T3A

    • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

    • OPG045

  • OPG045:A185T

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG047

  • OPG047:I232K
  • OPG047:D478N

    • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

    • OPG054

  • OPG054:R438G

    • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:T602N
  • OPG056:C622Y

    • OPG059

  • OPG059:I26L

    • OPG063

  • OPG063:V307A

    • OPG064

  • OPG064:A88S

    • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

    • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

    • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

    • OPG070

  • OPG070:H205Y

    • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

    • OPG072

  • OPG072:V10I

    • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

    • OPG076

  • OPG076:S20N

    • OPG079

  • OPG079:C45Y

    • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

    • OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R

    • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

    • OPG089

  • OPG089:D303E
  • OPG089:E337K

    • OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N

    • OPG092

  • OPG092:I244N

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG096

  • OPG096:I68M

    • OPG100

  • OPG100:K152Q

    • OPG101

  • OPG101:T153A

    • OPG102

  • OPG102:I249V

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

    • OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

    • OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

    • OPG111

  • OPG111:I77V

    • OPG112

  • OPG112:H34R

    • OPG113

  • OPG113:V537I

    • OPG117

  • OPG117:D454N

    • OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

    • OPG119

  • OPG119:T88R

    • OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:H213R

    • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

    • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:I514V

    • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

    • OPG133

  • OPG133:F594S

    • OPG134

  • OPG134:E226D

    • OPG135

  • OPG135:V90E

    • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y

    • OPG144

  • OPG144:T184I

    • OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

    • OPG148

  • OPG148:I313S

    • OPG150

  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

    • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:R205H
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:Q493P

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A
  • OPG156:I261M

    • OPG157

  • OPG157:M24V

    • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

    • OPG163

  • OPG163:V46A

    • OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

    • OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

    • OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

    • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:M111I

    • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

    • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

    • OPG178

  • OPG178:I139V

    • OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y

    • OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG188

  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

    • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

    • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

    • OPG192

  • OPG192:G100E

    • OPG193

  • OPG193:I108R

    • OPG195

  • OPG195:C120S

    • OPG197

  • OPG197:M1I

    • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R

    • OPG199

  • OPG199:T218S
  • OPG199:K230E

    • OPG200

  • OPG200:D52G
  • OPG200:E134G

    • OPG204

  • OPG204:N178K

    • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A

    • OPG208

  • OPG208:A34V
  • OPG208:I142T
  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

    • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

    • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • OPG210:R1842H
  • OPG210:E1863D
    • Deletions
    OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG049:314, OPG157:61, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG197:34, OPG197:35, OPG210:734
    Insertions
    ins_OPG047:480:GWNGM, ins_OPG110:79:EEV, ins_OPG153:369:DDIIDDXXXXX, ins_OPG164:212:*, ins_OPG172:3:M, ins_OPG205:736:QSQSQS

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue