This is the main branch

PPD_001VA5N.1

Display Name: Democratic_Republic_of_the_Congo/PPD_001VA5N.1/2023-11-23
E. Kinganda Lusamaki, A. Amuri Aziza, G. Luakanda Ndelemo, E. Hasivirwe Vakaniaki, N. Fernandez Nunez, C. B. Pratt, P. Akil Bandali, J.-C. Makangara Cigolo, N. A. Hoff, S. Sabiti Nundu, N. Mulopo Mukanya, M. Ngimba, B. Modrada Madakpa, R. Diavita, P. Paku Tshambu, E. Pukuta Simbu, S. Merritt, A. O'Toole, N. Low, A. Nkuba Ndaye, H. Kavunga Membo, R. Shongo, E. Malembi, T. Kalonji, ..., S. Ahuka Mundeke

Sample details

Collection date
2023-11-23
Country
Democratic Republic of the Congo
Admin level 1
Maindombe,Inongo
Isolate name
24MPX0303C

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-11-25 14:50insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ia
Outbreak
None
Lineage
None

Authors

Author affiliations
Institut National de Recherche Biomedicale, Pathogen Genomic Laboratory

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-10-16
NCBI update date
2024-10-21

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
190576
Completeness
93.23%
# of SNPs
758
# of inserted bases
2722
# of deleted bases
3056
# of ambiguous bases
11
# of unknown bases
7044
# of frame shifts
8
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG047:477-482(nt:29749-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG105:286-1287(nt:81981-84986),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG197:43-101(nt:169795-169972),OPG205:732-788(nt:177849-178019)

Submission details

Submission ID
PQ221836.1
Submitting group
Date submitted
2025-11-25 14:49:33 UTC
Date released
2025-11-25 15:20:41 UTC
Earliest release date
2024-10-16

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C6904T
  • T7005C
  • G7205A
  • T7411C
  • T7648C
  • C7756A
  • T7810C
  • T7950G
  • T8694G
  • A8810G
  • A8830G
  • A8893C
  • T8923C
  • G9139A
  • T9161G
  • A9376G
  • C9404T
  • T9509A
    • Deletions
    6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8069, 8328, 8329, 8421-8424, 8517, 8518, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15747, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46596, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945,...
    Insertions
    ins_6256:TT, ins_6527:T, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8602:ATATANNNNNNNN, ins_9264:A, ins_9568:TT, ins_10450:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16407:GTGT, ins_18902:GGCTGCCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTAGTTGTATGAGTGTATGATCTTTTAAGCCGCTA...

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D
  • OPG005:M131I

    • OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E

    • OPG019

  • OPG019:M124R

    • OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

    • OPG022

  • OPG022:G73D

    • OPG023

  • OPG023:A90V
  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG024

  • OPG024:S32G

    • OPG025

  • OPG025:M174I
  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

    • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:F79L
  • OPG027:V126I

    • OPG029

  • OPG029:C146R

    • OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N

    • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K

    • OPG034

  • OPG034:L205R

    • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:D25E

    • OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R

    • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

    • OPG039

  • OPG039:C279Y

    • OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

    • OPG043

  • OPG043:T3A

    • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

    • OPG045

  • OPG045:A185T

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG047

  • OPG047:I232K

    • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

    • OPG054

  • OPG054:R438G

    • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:T602N
  • OPG056:C622Y

    • OPG059

  • OPG059:I26L

    • OPG063

  • OPG063:V307A

    • OPG064

  • OPG064:A88S

    • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

    • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

    • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

    • OPG070

  • OPG070:H205Y

    • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

    • OPG072

  • OPG072:V10I

    • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

    • OPG076

  • OPG076:S20N

    • OPG079

  • OPG079:C45Y

    • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

    • OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R

    • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

    • OPG089

  • OPG089:D303E
  • OPG089:E337K

    • OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N

    • OPG092

  • OPG092:I244N

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG096

  • OPG096:I68M

    • OPG100

  • OPG100:K152Q

    • OPG101

  • OPG101:T153A

    • OPG102

  • OPG102:I249V

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG105

  • OPG105:V113G

    • OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

    • OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

    • OPG111

  • OPG111:I77V

    • OPG112

  • OPG112:H34R

    • OPG113

  • OPG113:V537I

    • OPG117

  • OPG117:D454N

    • OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

    • OPG119

  • OPG119:T88R

    • OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:H213R

    • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

    • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:I514V

    • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

    • OPG133

  • OPG133:F594S

    • OPG134

  • OPG134:E226D

    • OPG135

  • OPG135:V90E

    • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y

    • OPG144

  • OPG144:T184I

    • OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

    • OPG148

  • OPG148:I313S

    • OPG150

  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

    • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:R205H
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:Q493P

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A
  • OPG156:I261M

    • OPG157

  • OPG157:M24V

    • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

    • OPG163

  • OPG163:V46A

    • OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

    • OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

    • OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

    • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:M111I

    • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

    • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

    • OPG178

  • OPG178:I139V

    • OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y

    • OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG188

  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

    • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

    • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

    • OPG192

  • OPG192:G13C
  • OPG192:G100E

    • OPG193

  • OPG193:I108R

    • OPG195

  • OPG195:C120S

    • OPG197

  • OPG197:M1I

    • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R

    • OPG199

  • OPG199:K230E

    • OPG200

  • OPG200:D52G
  • OPG200:E134G

    • OPG204

  • OPG204:N178K

    • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A

    • OPG208

  • OPG208:A34V
  • OPG208:A39S
  • OPG208:I142T
  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

    • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

    • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:N1600S
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • OPG210:E1863D
    • Deletions
    OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG049:314, OPG157:61, OPG159:124-126, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG197:34-42, OPG210:734
    Insertions
    ins_OPG047:477:NGXXX, ins_OPG110:79:EEV, ins_OPG153:369:DDD, ins_OPG153:387:XXXXXXXXX, ins_OPG164:212:XXQ*, ins_OPG172:3:MMM, ins_OPG205:735:LXXXX

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue