This is the main branch

PPD_001VBF1.1

Display Name: Democratic_Republic_of_the_Congo/PPD_001VBF1.1/2024-02-14
E. Kinganda Lusamaki, A. Amuri Aziza, G. Luakanda Ndelemo, E. Hasivirwe Vakaniaki, N. Fernandez Nunez, C. B. Pratt, P. Akil Bandali, J.-C. Makangara Cigolo, N. A. Hoff, S. Sabiti Nundu, N. Mulopo Mukanya, M. Ngimba, B. Modrada Madakpa, R. Diavita, P. Paku Tshambu, E. Pukuta Simbu, S. Merritt, A. O'Toole, N. Low, A. Nkuba Ndaye, H. Kavunga Membo, R. Shongo, E. Malembi, T. Kalonji, ..., S. Ahuka Mundeke

Sample details

Collection date
2024-02-14
Country
Democratic Republic of the Congo
Admin level 1
Tshopo,Yaleko
Isolate name
24MPX0580C

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-11-25 14:50insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ia
Outbreak
None
Lineage
None

Authors

Author affiliations
Institut National de Recherche Biomedicale, Pathogen Genomic Laboratory

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-10-16
NCBI update date
2024-10-21

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
196497
Completeness
98.06%
# of SNPs
817
# of inserted bases
2721
# of deleted bases
3164
# of ambiguous bases
9
# of unknown bases
3553
# of frame shifts
10
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG047:477-482(nt:29749-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG105:286-1287(nt:81981-84986),OPG153:379-510(nt:136138-136534),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG197:59-101(nt:169843-169972),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)

Submission details

Submission ID
PQ221856.1
Submitting group
Date submitted
2025-11-25 14:49:33 UTC
Date released
2025-11-25 15:20:41 UTC
Earliest release date
2024-10-16

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • T466C
  • G475A
  • C630A
  • T720C
  • G749A
  • C790T
  • G994A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • A1504G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • T3099G
    • Deletions
    458-460, 600-609, 2239-2241, 4762-4844, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8471, 8499, 8956, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 24310, 24338, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33424, 39076, 41935, 46506-46508, 46596, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132813, 133088-133102,...
    Insertions
    ins_631:GAGAGAA, ins_755:ACA, ins_1690:NA, ins_2839:N, ins_4598:T, ins_6313:NN, ins_6527:T, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8603:NNNNNNNNTATATA, ins_9264:A, ins_9568:TT, ins_10453:TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16407:GTGT, ins_16600:A, ins_18902:GGCTGCCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATG...

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

    • OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D

    • OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:L136F

    • OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E

    • OPG019

  • OPG019:M124R

    • OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

    • OPG022

  • OPG022:G73D

    • OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG024

  • OPG024:S32G

    • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

    • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:F79L
  • OPG027:V126I

    • OPG029

  • OPG029:C146R

    • OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N

    • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K

    • OPG034

  • OPG034:L205R

    • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:D25E

    • OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R

    • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

    • OPG039

  • OPG039:C279Y

    • OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

    • OPG043

  • OPG043:T3A

    • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

    • OPG045

  • OPG045:A185T

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG047

  • OPG047:I232K

    • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M
  • OPG049:A305V

    • OPG054

  • OPG054:R438G

    • OPG055

  • OPG055:A226V

    • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:C622Y

    • OPG059

  • OPG059:I26L

    • OPG063

  • OPG063:V307A

    • OPG064

  • OPG064:A88S

    • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

    • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

    • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

    • OPG070

  • OPG070:H205Y

    • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

    • OPG072

  • OPG072:V10I

    • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

    • OPG076

  • OPG076:S20N

    • OPG079

  • OPG079:C45Y

    • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

    • OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R

    • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

    • OPG089

  • OPG089:D303E

    • OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:D65E
  • OPG091:S73N

    • OPG092

  • OPG092:I244N

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG096

  • OPG096:I68M

    • OPG100

  • OPG100:K152Q

    • OPG101

  • OPG101:T153A

    • OPG102

  • OPG102:I249V

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG105

  • OPG105:V113G

    • OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I
  • OPG108:V307I

    • OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

    • OPG111

  • OPG111:I77V

    • OPG112

  • OPG112:H34R

    • OPG113

  • OPG113:V537I

    • OPG117

  • OPG117:D454N

    • OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

    • OPG120

  • OPG120:A19T

    • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

    • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:I514V

    • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

    • OPG133

  • OPG133:F594S
  • OPG133:A670S

    • OPG134

  • OPG134:E226D

    • OPG135

  • OPG135:V90E

    • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y

    • OPG144

  • OPG144:T184I

    • OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

    • OPG148

  • OPG148:T174I
  • OPG148:I313S

    • OPG150

  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

    • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A
  • OPG156:I261M

    • OPG157

  • OPG157:M24V

    • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

    • OPG163

  • OPG163:V46A

    • OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

    • OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

    • OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

    • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:M111I

    • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

    • OPG173

  • OPG173:V29I

    • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:D226N
  • OPG176:L227S

    • OPG178

  • OPG178:I139V

    • OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y

    • OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG188

  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

    • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

    • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

    • OPG192

  • OPG192:G100E

    • OPG193

  • OPG193:I108R

    • OPG195

  • OPG195:C120S

    • OPG197

  • OPG197:M1I
  • OPG197:S18T

    • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R

    • OPG199

  • OPG199:K230E

    • OPG200

  • OPG200:D52G
  • OPG200:E134G

    • OPG204

  • OPG204:N178K

    • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:R689C
  • OPG205:V690A
  • OPG205:R733Q

    • OPG208

  • OPG208:A34V
  • OPG208:I142T
  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

    • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

    • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:A889T
  • OPG210:T928A
  • OPG210:G1098S
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • OPG210:H1817D
  • OPG210:R1846I
  • OPG210:E1863D
    • Deletions
    OPG002:172, OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG049:314, OPG157:61, OPG159:124-126, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG197:50-58, OPG210:734
    Insertions
    ins_OPG047:482:XXXXX, ins_OPG110:79:EEV, ins_OPG153:369:DD, ins_OPG153:510:XXXXXXXX, ins_OPG164:212:XXQ*, ins_OPG172:3:MM, ins_OPG205:736:QSQSQS

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue