This is the main branch

PPD_0022KXE.1

Display Name: Portugal/PPD_0022KXE.1/2025-02-07
J. Isidro, V. Borges, M. Pinto, D. Sobral, J. D. Santos, A. Nunes, V. Mixao, R. Ferreira, D. Santos, S. Duarte, L. Vieira, M. J. Borrego, S. Nuncio, I. L. de Carvalho, A. Pelerito, R. Cordeiro, J. P. Gomes, M. P. Duque, J. V. Martins, P. Vasconcelos, M. S. Nuncio, C. Roemer, R. A. Neher, M. O'Driscoll, ...; G. Freitas

Submission details

Submission ID
OZ239955.1
Submitting group
Date submitted
2025-07-03 11:00:03 UTC
Date released
2025-07-03 12:33:46 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-07-03 11:01insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Instituto Nacional de Saude Dr. Ricardo Jorge, Lisboa

INSDC

BioProject accession
BioSample accession
INSDC accession
Raw reads accession
NCBI release date
2025-03-08
NCBI update date
2025-03-09

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
E.1
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
97.96%
Length
195595
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
82
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
78
Total SNPs
104
Total stop codons
0
Total unknown nucs
2419

Sample details

Earliest release date
2025-03-08
Collection country
Portugal
Collection date
2025-02-07
Collection date (lower bound)
2025-02-07
Collection date (upper bound)
2025-02-07
Isolate name
Monkeypox_PT0841_2025

Host

Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G9229A
  • G12285A
  • G13563A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G19914A
  • C21062T
  • G21723A
  • G23110A
  • C23564T
    • Deletions
    133177-133186, 179172-179243
    Insertions
    ins_133102:TT, ins_173337:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG023

  • OPG023:R206C

    • OPG025

  • OPG025:A423D
  • OPG025:P569S

    • OPG034

  • OPG034:S31F

    • OPG036

  • OPG036:M1I

    • OPG038

  • OPG038:S17L

    • OPG039

  • OPG039:S149L

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG059

  • OPG059:E30K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:R665C

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG164

  • OPG164:D67N

    • OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:D59N

    • OPG181

  • OPG181:D218N

    • OPG185

  • OPG185:T258I

    • OPG188

  • OPG188:E229K

    • OPG189

  • OPG189:R179K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:S1488L
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue