This is the main branch

PPD_0022YJT.1

Display Name: Democratic_Republic_of_the_Congo/PPD_0022YJT.1/2024-11-01
T. Wawina-Bokalanga, S. Merritt, E. Kinganda-Lusamaki, D. Jansen, M. Halbrook, A. OToole, E. Pukuta-Simbu, E. Muyamuna, E. Hasivirwe Vakaniaki, R. Ola-Mpumbe, P. Kwete-Mbokama, P. Akil-Bandali, C. Kacita, A. Ponga-Museme, N. Mapenzi-Kashali, A. Amuri-Aziza, F. Muyembe-Mawete, R. Lumembe-Numbi, G. Kabamba-Lungenyi, O. Tshiani-Mbaya, P. Paku-Tshambu, P. H. Dantas, T. DeBlock, E. Lokilo-Lofiko, ...; P. Mbala-Kingebeni

Submission details

Submission ID
OZ254605.1
Submitting group
Date submitted
2025-07-03 11:00:03 UTC
Date released
2025-07-03 12:41:21 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-07-03 11:01insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Institut National de Recherche Biomedicale, Kinshasa, Kinshasa

INSDC

BioProject accession
BioSample accession
INSDC accession
NCBI release date
2025-04-30
NCBI update date
2025-05-01

Clade & Lineage

Clade
Ia
Lineage
None
Outbreak
None

Alignment and QC metrics

Completeness
86.25%
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG205:732-788(nt:177848-178019)
Length
189316
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
3033
Total frame shifts
6
Total inserted nucs
2704
Total SNPs
693
Total stop codons
0
Total unknown nucs
19552

Sample details

Earliest release date
2025-04-30
Collection subdivision level 1
Kinshasa
Collection country
Democratic Republic of the Congo
Collection date
2024-11-01
Collection date (lower bound)
2024-11-01
Collection date (upper bound)
2024-11-01
Isolate name
24MPX4975V

Host

Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C630A
  • T720C
  • G749A
  • G907A
  • G994A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • G1319T
  • A1504G
  • A1687G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • T3099G
    • Deletions
    582, 583, 600-609, 2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 16608-16613, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46596, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50527-50540, 50575, 50576, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 139429-139431, 142755, 143459, 145602, 145892, 145979-145981, 146084, 146085, 146969, 150539, 150568, 150590-150595, 150634, 150635, 151022-151026, 151043, 151430, 152267-152269, 154393, 154394, 155424, 156210, 157835-160095, 163207-163214, 166656, 166657, 166712, 172063, 173286-173317, 173501, 173502, 173745, 174531-174542, 178328, 181114-181122, 183555-183557, 187207, 187775, 189744
    Insertions
    ins_107675:A, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_29766:TCCCATTCCA, ins_169774:ACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGAT, ins_181317:TA, ins_156002:AC, ins_173690:T, ins_7435:GTA, ins_146073:A, ins_174466:T, ins_169600:ATGA, ins_148280:G, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_168226:T, ins_8858:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_146092:C, ins_12965:NNNNN, ins_4598:T, ins_6983:T, ins_47779:ATT, ins_170928:NNNNNNN, ins_6256:TT, ins_47935:TGAGTAAAATCAAACACAAAATCTTCGTTCAAACTTAATCTTATTAGAATATTAGTGGAAGAAAGATTCTATAATAATGAATGCAGAGATTATAAATGGAGAATAATTGGAACACAAGTTGATAAAATATTGATAGCTAAATATACAATAGATGCAATGTATCGCATAAGACCGATATATATAATACAAAGCAGTACAGATACAATGATGATGTAGAAAATGGATTCATTGGATTGGATAAACTAAAATTAAA, ins_178158:TT, ins_21081:A, ins_16535:N, ins_6527:T, ins_146045:ATTACAATACATTTTTATCATAACA, ins_168923:T, ins_1374:GGATACCTCATCATCTTC, ins_132445:TATCAAGAT, ins_177847:TTCTCATCTCA, ins_51416:T, ins_563:N, ins_188578:G, ins_143413:TAA, ins_150585:G, ins_9264:A, ins_9487:NNNTAGC, ins_188635:T, ins_187083:A, ins_155502:GATATGAT, ins_9568:TT, ins_189180:A, ins_147435:ATGATG, ins_19359:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_148351:A, ins_188360:ATATA, ins_146862:TGTAT, ins_136554:ATC, ins_146933:A, ins_62041:A, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_187944:A, ins_179243:CATTATATACATTATATACATTATATACATTATATACATTATATACATTATATATCGTTATATA, ins_168181:A, ins_155809:T, ins_89630:NNNNNNNNN, ins_23184:TACGATGCAATGAGTAAGACAATAG, ins_755:ACA, ins_25551:TGT, ins_146869:TTT, ins_173154:T, ins_631:GAGAGAA, ins_136569:ATCATC, ins_166116:TTAATAA, ins_22482:TTCTAT

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:T86N

    • OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

    • OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D
  • OPG005:M131I

    • OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:L136F

    • OPG019

  • OPG019:M124R

    • OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

    • OPG022

  • OPG022:G73D

    • OPG023

  • OPG023:A90V
  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG024

  • OPG024:S32G

    • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

    • OPG029

  • OPG029:C146R

    • OPG030

  • OPG030:S113N

    • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:D25E

    • OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R

    • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

    • OPG039

  • OPG039:C279Y

    • OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

    • OPG043

  • OPG043:T3A

    • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

    • OPG045

  • OPG045:A185T

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG047

  • OPG047:I232K

    • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

    • OPG054

  • OPG054:R438G

    • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:T602N
  • OPG056:C622Y

    • OPG059

  • OPG059:I26L

    • OPG063

  • OPG063:V307A

    • OPG064

  • OPG064:A88S

    • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

    • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

    • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

    • OPG070

  • OPG070:H205Y

    • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

    • OPG072

  • OPG072:V10I

    • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

    • OPG076

  • OPG076:S20N

    • OPG079

  • OPG079:C45Y

    • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

    • OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R

    • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

    • OPG089

  • OPG089:D303E
  • OPG089:E337K

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG096

  • OPG096:I68M

    • OPG100

  • OPG100:K152Q

    • OPG101

  • OPG101:T153A

    • OPG102

  • OPG102:I249V

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

    • OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

    • OPG109

  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

    • OPG112

  • OPG112:H34R

    • OPG113

  • OPG113:V537I

    • OPG117

  • OPG117:D454N

    • OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:H213R

    • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

    • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:I514V

    • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

    • OPG134

  • OPG134:E226D

    • OPG135

  • OPG135:V90E

    • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y

    • OPG144

  • OPG144:M41I
  • OPG144:T184I

    • OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

    • OPG148

  • OPG148:I313S
  • OPG148:A329S

    • OPG150

  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

    • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:R205H
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:I371D
  • OPG153:Q493P

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A
  • OPG156:I261M

    • OPG157

  • OPG157:M24V

    • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

    • OPG163

  • OPG163:V46A

    • OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

    • OPG165

  • OPG165:S39T
  • OPG165:D106N

    • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:M111I

    • OPG172

  • OPG172:C92W
  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

    • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

    • OPG178

  • OPG178:I139V

    • OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG188

  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

    • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

    • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

    • OPG192

  • OPG192:G100E

    • OPG193

  • OPG193:I108R

    • OPG195

  • OPG195:C120S

    • OPG197

  • OPG197:M1I
  • OPG197:S18T

    • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V

    • OPG199

  • OPG199:K230E
  • OPG199:V304M

    • OPG200

  • OPG200:D52G
  • OPG200:E134G

    • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A

    • OPG208

  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

    • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

    • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • OPG210:E1863D
    • Deletions
    OPG002:172, OPG029:153, OPG029:154, OPG049:314, OPG157:61, OPG164:228, OPG191:166, OPG210:734
    Insertions
    ins_OPG197:35:TDTDTDTDTDTDTDTDTDTDTDTD, ins_OPG164:212:*, ins_OPG153:369:DDI, ins_OPG001:74:DDEVSE, ins_OPG172:3:MM, ins_OPG047:477:NGX, ins_OPG205:732:HLX

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue