This is the main branch

PPD_00239M8.1

Display Name: Sierra_Leone/PPD_00239M8.1/2025-04-28
A. K. Campbell, E. Parker, C. Miller, J. Campbell, V. Folorunso, N. Daniel-Sesay, A. J. Williams, S. Mani, R. Lansana, A. Kargbo, K. Koninga, H. Adi, S. Ruhweza, A. James, J. Greene, M. Forster, J. Klena, C. Gigante, D. Park, A. Kebede, C. Tanui, S. Tessema, Y. Kebede, A. Koroma, ...; F. Sahr

Submission details

Submission ID
OZ261947.1
Submitting group
Date submitted
2025-07-03 11:00:03 UTC
Date released
2025-07-03 12:47:24 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-07-03 11:01insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Central Public Health Reference Laboratory, Freetown

INSDC

BioProject accession
BioSample accession
INSDC accession
NCBI release date
2025-06-03
NCBI update date
2025-06-04

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
A.2.2
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
100.00%
Frame shifts
OPG174:290-347(nt:148355-148528)
Length
197191
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
19
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
1
Total SNPs
79
Total stop codons
0
Total unknown nucs
0

Sample details

Earliest release date
2025-06-03
Collection subdivision level 1
Western Area Urban; Freetown; Freetown
Collection country
Sierra Leone
Collection date
2025-04-28
Collection date (lower bound)
2025-04-28
Collection date (upper bound)
2025-04-28

Host

Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C4611T
  • G4969A
  • C6105T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
    • Deletions
    608, 609, 148529-148535, 163207-163214, 196616, 196617
    Insertions
    ins_170904:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D18N

    • OPG021

  • OPG021:S196L

    • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

    • OPG025

  • OPG025:D160N

    • OPG031

  • OPG031:D13N

    • OPG036

  • OPG036:S51F

    • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

    • OPG044

  • OPG044:D17N

    • OPG047

  • OPG047:D187N

    • OPG049

  • OPG049:S95L

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG060

  • OPG060:S107L

    • OPG083

  • OPG083:R341K

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG106

  • OPG106:R29K

    • OPG112

  • OPG112:E85K

    • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG132

  • OPG132:M357I

    • OPG133

  • OPG133:S616F

    • OPG136

  • OPG136:A327T

    • OPG145

  • OPG145:D29N

    • OPG150

  • OPG150:S43L

    • OPG172

  • OPG172:E56K

    • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

    • OPG176

  • OPG176:Q22*

    • OPG180

  • OPG180:D442N

    • OPG185

  • OPG185:D68N

    • OPG188

  • OPG188:H120Y

    • OPG190

  • OPG190:P221S

    • OPG198

  • OPG198:E57K

    • OPG204

  • OPG204:E314K

    • OPG205

  • OPG205:R689C

    • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
    • Deletions
    OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue