This is the main branch

PPD_0023ADQ.1

Display Name: Sierra_Leone/PPD_0023ADQ.1/2025-05-29
J. D. Sandi, E. Parker, D. H. Harding, T. P. Kallom, O. O. Ope-ewe, M. S. Kamara, A. E. Sijuwola, F. Saibu, I. Specht, I. U. Fofanah, P. E. Eromon, A. Ozonoff, H. Soumare, J. Squire, C. Wilkason, D. Park, J. Levy, I. Baudi, L. Marrs, P. Cronan, C. Shin, P. Varilly, D. Nosamiefan, M. Paye, ...; D. S. Grant

Submission details

Submission ID
OZ271439.1
Submitting group
Date submitted
2025-07-03 11:00:03 UTC
Date released
2025-07-03 12:47:24 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-07-03 11:01insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Kenema Government Hospital , Sierra Leone, KENEMA CITY, EASTERN REGION

INSDC

BioProject accession
BioSample accession
INSDC accession
NCBI release date
2025-06-13
NCBI update date
2025-06-14

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
A.2.2
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
99.97%
Frame shifts
OPG174:290-347(nt:148355-148528)
Length
197076
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
134
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
1
Total SNPs
82
Total stop codons
0
Total unknown nucs
64

Sample details

Earliest release date
2025-06-13
Collection subdivision level 1
Kenema
Collection country
Sierra Leone
Collection date
2025-05-29
Collection date (lower bound)
2025-05-29
Collection date (upper bound)
2025-05-29
Isolate name
G-29159-1

Host

Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C4611T
  • G4969A
  • C6105T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
    • Deletions
    607-609, 4775-4806, 136546-136554, 148529-148535, 163207-163214, 179172-179243, 196615-196617
    Insertions
    ins_170904:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D18N

    • OPG021

  • OPG021:S196L

    • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

    • OPG025

  • OPG025:D160N

    • OPG031

  • OPG031:D13N

    • OPG036

  • OPG036:S51F

    • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

    • OPG044

  • OPG044:D17N

    • OPG047

  • OPG047:D187N

    • OPG049

  • OPG049:S95L

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG060

  • OPG060:S107L

    • OPG069

  • OPG069:P45S

    • OPG083

  • OPG083:R341K

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG106

  • OPG106:R29K

    • OPG112

  • OPG112:E85K

    • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG132

  • OPG132:M357I

    • OPG133

  • OPG133:S616F

    • OPG136

  • OPG136:A327T

    • OPG145

  • OPG145:D29N

    • OPG148

  • OPG148:G342E

    • OPG150

  • OPG150:S43L

    • OPG172

  • OPG172:E56K

    • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

    • OPG176

  • OPG176:Q22*

    • OPG180

  • OPG180:D442N

    • OPG185

  • OPG185:D68N

    • OPG188

  • OPG188:H120Y

    • OPG190

  • OPG190:P221S

    • OPG198

  • OPG198:E57K

    • OPG204

  • OPG204:E314K

    • OPG205

  • OPG205:R689C
  • OPG205:L747F

    • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
    • Deletions
    OPG153:383-385, OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue