This is the main branch

PPD_002DR1D.1

Display Name: USA/PPD_002DR1D.1/2025-05-09
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Submission details

Submission ID
PV834999.1
Submitting group
Date submitted
2025-07-03 11:01:26 UTC
Date released
2025-07-03 13:13:22 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-07-03 11:01insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Los Angeles County Department of Public Health, Los Angeles County Public Health Laboratories

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
F.4
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
89.11%
Length
196275
Total ambiguous nucs
3
Total deleted nucs
115
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
50
Total SNPs
88
Total stop codons
0
Total unknown nucs
20606

Sample details

Earliest release date
2025-06-26
Collection country
USA
Collection date
2025-05-09
Collection date (lower bound)
2025-05-09
Collection date (upper bound)
2025-05-09
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00735/2025

Host

Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2025-06-26
NCBI update date
2025-06-26

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • A2717G
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • A18769G
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • C34277T
  • G34459A
  • G36251A
    • Deletions
    776-778, 133177-133186, 150594, 179078-179175, 196647-196649
    Insertions
    ins_150585:G, ins_133102:TTT, ins_174061:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:L12P
  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG037

  • OPG037:S347F

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG055

  • OPG055:S278L

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG065

  • OPG065:R28C

    • OPG068

  • OPG068:E108K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG088

  • OPG088:D52V

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG113

  • OPG113:H218Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG148

  • OPG148:E157K
  • OPG148:G312S

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG175

  • OPG175:S29L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG198

  • OPG198:S179L

    • OPG205

  • OPG205:D330N

    • OPG209

  • OPG209:S30L

    • OPG210

  • OPG210:D209N
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue