This is the main branch

PPD_002DR2B.1

Display Name: USA/PPD_002DR2B.1/2025-05-22
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Submission details

Submission ID
PV835000.1
Submitting group
Date submitted
2025-07-03 11:01:26 UTC
Date released
2025-07-03 13:13:22 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-07-03 11:01insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Los Angeles County Department of Public Health, Los Angeles County Public Health Laboratories

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
F.2
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
90.41%
Length
195601
Total ambiguous nucs
2
Total deleted nucs
107
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
49
Total SNPs
95
Total stop codons
0
Total unknown nucs
17358

Sample details

Earliest release date
2025-06-26
Collection country
USA
Collection date
2025-05-22
Collection date (lower bound)
2025-05-22
Collection date (upper bound)
2025-05-22
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00733/2025

Host

Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2025-06-26
NCBI update date
2025-06-26

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C882T
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G12690A
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25213A
  • G25661A
  • C27826T
  • T28175C
    • Deletions
    133177-133186, 179082-179178
    Insertions
    ins_133102:TTT, ins_174061:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG001:D232N

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG023

  • OPG023:P71S

    • OPG040

  • OPG040:S89F

    • OPG043

  • OPG043:E44K

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG069

  • OPG069:E20K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:T51I
  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG120

  • OPG120:D151N

    • OPG122

  • OPG122:D58N

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG188

  • OPG188:E12K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue