This is the main branch

PPD_002JD3A.1

Display Name: USA/PPD_002JD3A.1/2025-05-13
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Sample details

Collection date
2025-05-13
Country
USA
Admin level 1
California
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00739/2025

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-09-17 10:54insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
F.4.1

Authors

Author affiliations
Los Angeles County Department of Public Health, Los Angeles County Public Health Laboratories

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2025-08-04
NCBI update date
2025-08-04

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

# of stop codons
0
Length
197172
# of SNPs
101
# of inserted bases
89
# of deleted bases
126
# of ambiguous bases
1
# of unknown bases
7
# of frame shifts
0
Completeness
100.00%

Submission details

Submission ID
PX067024.1
Submitting group
Date submitted
2025-09-17 10:54:44 UTC
Date released
2025-09-17 13:25:04 UTC
Earliest release date
2025-08-04

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • C34277T
    • Deletions
    602-609, 133177-133186, 150594, 179145-179243, 196610-196617
    Insertions
    ins_0:ATAAGTTTTAGTACATTAATATTAT, ins_133102:TTT, ins_173295:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_197209:ATAATATTAATGTACTAAAACTTAT

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG037

  • OPG037:S347F

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG055

  • OPG055:S278L

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG065

  • OPG065:R28C
  • OPG065:D123N

    • OPG068

  • OPG068:E108K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG113

  • OPG113:H218Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG133

  • OPG133:M683I

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG148

  • OPG148:E157K
  • OPG148:G312S

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG151

  • OPG151:E982K

    • OPG172

  • OPG172:E56K

    • OPG175

  • OPG175:S29L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG192

  • OPG192:G71E

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG198

  • OPG198:S179L

    • OPG205

  • OPG205:D330N

    • OPG209

  • OPG209:S30L

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue