This is the main branch

PPD_002JG1B.1

Display Name: USA/PPD_002JG1B.1/2025-07
L. Gagne, M. Doucette, E. Fortes, S. Bhattacharya & N. Epie

Sample details

Collection date
2025-07
Country
USA
Admin level 1
MA
Isolate name
MPXV_USA_2025_MA0235

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-09-17 10:54insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
E.3.1

Authors

Author affiliations
Massachusetts State Public Health Laboratory, Department of Public Health

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2025-08-18
NCBI update date
2025-08-18

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

# of stop codons
1
Stop codons
OPG031:168
Length
195236
# of SNPs
114
# of inserted bases
2513
# of deleted bases
2941
# of ambiguous bases
3
# of unknown bases
2603
# of frame shifts
0
Completeness
97.90%

Submission details

Submission ID
PX132900.1
Submitting group
Date submitted
2025-09-17 10:54:44 UTC
Date released
2025-09-17 13:26:05 UTC
Earliest release date
2025-08-18

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • G18327A
  • A18769G
  • C21062T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • C26734T
  • T28175C
  • G30367A
    • Deletions
    4727-4806, 133094-133108, 133177-133186, 133493-133945, 150586-150593, 156371-158634, 174048-174064, 174531-174536, 179227-179234, 192451-192530
    Insertions
    ins_6976:ATCATTATT, ins_10453:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_18902:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN...

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG031

  • OPG031:Q168*

    • OPG036

  • OPG036:M1I

    • OPG042

  • OPG042:D122N

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:L56F
  • OPG074:R665C

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:S80L
  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG101

  • OPG101:M139I

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG113

  • OPG113:E831K

    • OPG118

  • OPG118:S478L
  • OPG118:K606E

    • OPG123

  • OPG123:P615S

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG133

  • OPG133:D411N
  • OPG133:M580I

    • OPG136

  • OPG136:D98N
  • OPG136:V886I

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG164

  • OPG164:S7L

    • OPG174

  • OPG174:P39L

    • OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:D140N
  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:D59N

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG195

  • OPG195:R170Q

    • OPG198

  • OPG198:S179L

    • OPG205

  • OPG205:E452K

    • OPG208

  • OPG208:E14K

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:S1466R
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    ins_OPG110:100:XXX, ins_OPG153:385:XXXX, ins_OPG197:35:XXXXXXXXXXSDTDTDTDTDTDTDTDTD

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue