This is a preview deployment banner

PPD_0042XC5.1

Display Name: Ireland/PPD_0042XC5.1/2026-02
M. Carr, L. Fahey, B. Keogan, A. Rice, C. Kenna, A. Crowley, D. Hare & C. F. De Gascun

Sample details

Collection date
2026-02
Country
Ireland
Isolate name
GIRL00011684

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-02-23 17:40insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.2

Authors

Author affiliations
National Viral Reference Laboratory, University College Dublin, Ireland, Dublin, Co. Dublin

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2026-02-20
NCBI update date
2026-02-21

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
197079
Completeness
97.07%
# of SNPs
102
# of inserted bases
0
# of deleted bases
18
# of ambiguous bases
2
# of unknown bases
5672
# of frame shifts
0
# of stop codons
0

Submission details

Submission ID
OZ413596.1
Submitting group
Date submitted
2026-02-23 17:21:01 UTC
Date released
2026-02-24 10:15:59 UTC
Earliest release date
2026-02-20

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C882T
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G12690A
  • G14000T
  • G15428A
  • C20453T
  • C20866T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25213A
  • G25661A
  • C27826T
    • Deletions
    602-609, 133177-133186
    Insertions
    None

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG001:D232N

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG023

  • OPG023:P71S

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG036

  • OPG036:E67K

    • OPG040

  • OPG040:S89F

    • OPG043

  • OPG043:E44K

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG120

  • OPG120:D151N

    • OPG127

  • OPG127:S28T

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG143

  • OPG143:D223N

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y
  • OPG176:D226N

    • OPG180

  • OPG180:E511K

    • OPG188

  • OPG188:E12K
  • OPG188:E338K

    • OPG193

  • OPG193:L263F
  • OPG193:D267N

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue