This is a preview deployment banner

PPD_0059MR7.1

Ireland/PPD_0059MR7.1/2025-08-27
M. Carr, L. Fahey, B. Keogan, A. Rice, D. Hare & C. F. De Gascun

National Viral Reference Laboratory, University College Dublin, Ireland, Dublin, Co. Dublin

Sample details

Collection date
2025-08-27
Sampling location
Ireland
Isolate name
GIRL00063147

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-04-11 16:49insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
A.2.2

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2025-09-19
NCBI update date
2025-10-21

Host

Host

Submission details

Submission ID
OZ319641.1
Submitting group
Date submitted
2026-04-11 16:23:26 UTC
Date released
2026-04-11 20:15:26 UTC
Earliest release date
2025-09-19

Alignment and QC

Length
190715 (94.2%)
# of SNPs
68
# of inserted bases
1
# of deleted bases
15
# of unknown bases
5021
# of frame shifts
1
Frame shifts
OPG174:290-347(nt:148355-148528)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G4969A
  • C7244T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C12144T
  • C13298T
  • C14790T
  • C18792T
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
  • T28175C
  • G28483A
  • C30636T
Deletions

148529-148535, 163207-163214
Insertions

ins_170904:T

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG021

  • OPG021:S196L

OPG023

  • OPG023:D253N
  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

OPG025

  • OPG025:D160N

OPG031

  • OPG031:D13N

OPG036

  • OPG036:S51F

OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

OPG044

  • OPG044:D17N

OPG047

  • OPG047:D187N

OPG049

  • OPG049:S95L
  • OPG049:D208N

OPG053

  • OPG053:G38E

OPG060

  • OPG060:S107L

OPG083

  • OPG083:R341K

OPG084

  • OPG084:G274E

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG122

  • OPG122:H198Y

OPG132

  • OPG132:M357I

OPG133

  • OPG133:S616F

OPG145

  • OPG145:D29N

OPG150

  • OPG150:S43L

OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

OPG176

  • OPG176:Q22*

OPG180

  • OPG180:D442N

OPG185

  • OPG185:D68N

OPG188

  • OPG188:H120Y

OPG190

  • OPG190:P221S

OPG204

  • OPG204:E314K

OPG205

  • OPG205:R689C

OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1245N
  • OPG210:D1877N
Deletions

OPG174

OPG174:288, OPG174:289
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue