PPD_0059TFN.1

Portugal/PPD_0059TFN.1/2025-10-23

J. Isidro, V. Borges, M. Pinto, D. Sobral, J. D. Santos, A. Nunes, V. Mixao, R. Ferreira, D. Santos, S. Duarte, L. Vieira, M. J. Borrego, S. Nuncio, I. L. de Carvalho, A. Pelerito, R. Cordeiro, J. P. Gomes, M. P. Duque, J. V. Martins, P. Vasconcelos, M. S. Nuncio, C. Roemer, R. A. Neher, M. O'Driscoll, ..., G. Freitas

Instituto Nacional de Saude Dr. Ricardo Jorge, Lisboa

Sample details

Collection date

2025-10-23

Sampling location

Portugal

Isolate name

Monkeypox_PT0889_2025

Data use terms

Changed	User	Data use terms
2026-04-11 16:49	insdc_ingest_user	OPEN

OPEN

Data use terms URL

https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Clade & Lineage

Clade

IIb

Outbreak

sh2017

Lineage

F.4

INSDC

INSDC accession

OZ389451.1

BioProject accession

PRJEB53055

BioSample accession

SAMEA120802740

NCBI release date

2026-01-07

NCBI update date

2026-01-08

Raw reads accession

ERR16007377

Host

human (Homo sapiens)

Submission details

Submission ID

OZ389451.1

Submitting group

Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus

Date submitted

2026-04-11 16:23:26 UTC

Date released

2026-04-11 20:15:26 UTC

Earliest release date

2026-01-07

Alignment and QC

Length

187843 (91.1%)

# of SNPs

# of inserted bases

# of deleted bases

# of unknown bases

8144

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

C6552T
C7771T
G14000T
G15428A
C16227T
A18769G
C20453T
G21723A
C22529T
C23564T
A25002G
G25661A
T28175C
C29199T
G30367A
G31053A
C34277T
G34459A

Deletions

133177-133186, 136552-136554, 179172-179243

Insertions

ins_133102:TT, ins_174076:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG005

OPG005:R119K

OPG025

OPG025:A423D

OPG027

OPG027:D51N

OPG038

OPG038:E211K

OPG045

OPG045:E22K

OPG047

OPG047:R48C

OPG053

OPG053:P78S

OPG056

OPG056:E125K

OPG057

OPG057:E353K

OPG071

OPG071:L108F

OPG072

OPG072:D56N

OPG092

OPG092:D196N

OPG093

OPG093:S30L
OPG093:D88N

OPG094

OPG094:M142I

OPG098

OPG098:E162K

OPG104

OPG104:D25N

OPG105

OPG105:S734L

OPG109

OPG109:H740Y

OPG113

OPG113:H218Y

OPG136

OPG136:D98N

OPG139

OPG139:A17T

OPG145

OPG145:E62K
OPG145:R243Q
OPG145:E435K

OPG148

OPG148:G312S

OPG154

OPG154:A91V

OPG175

OPG175:S29L

OPG176

OPG176:H221Y

OPG180

OPG180:R34K

OPG193

OPG193:L263F

OPG205

OPG205:D330N
OPG205:D553N

OPG210

OPG210:D209N
OPG210:P722S
OPG210:M1741I