PPD_0059VQ1.1

Portugal/PPD_0059VQ1.1/2026-01-23

J. Isidro, V. Borges, M. Pinto, D. Sobral, J. D. Santos, A. Nunes, V. Mixao, R. Ferreira, D. Santos, S. Duarte, L. Vieira, M. J. Borrego, S. Nuncio, I. L. de Carvalho, A. Pelerito, R. Cordeiro, J. P. Gomes, M. P. Duque, J. V. Martins, P. Vasconcelos, M. S. Nuncio, C. Roemer, R. A. Neher, M. O'Driscoll, ..., G. Freitas

Instituto Nacional de Saude Dr. Ricardo Jorge, Lisboa

Sample details

Collection date

2026-01-23

Sampling location

Portugal

Isolate name

Monkeypox_PT0974_2026

Data use terms

Changed	User	Data use terms
2026-04-11 16:49	insdc_ingest_user	OPEN

OPEN

Data use terms URL

https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Clade & Lineage

Clade

IIb

Outbreak

sh2017

Lineage

E.3.1

INSDC

INSDC accession

OZ414547.1

BioProject accession

PRJEB53055

BioSample accession

SAMEA121780938

NCBI release date

2026-02-27

NCBI update date

2026-02-28

Raw reads accession

ERR16740598

Host

human (Homo sapiens)

Submission details

Submission ID

OZ414547.1

Submitting group

Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus

Date submitted

2026-04-11 16:23:26 UTC

Date released

2026-04-11 20:15:26 UTC

Earliest release date

2026-02-27

Alignment and QC

Length

195582 (97.6%)

# of SNPs

114

# of inserted bases

# of deleted bases

# of unknown bases

3040

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

G1262A
G2591A
G3111A
G3522A
C3818T
C3987T
C7771T
G14000T
G15428A
A18769G
C21062T
C23564T
C23759T
G25661A
C26734T
T28175C
G30367A
G31053A

Deletions

133177-133186, 169769-169774, 174531-174536, 179172-179243

Insertions

ins_133102:TT, ins_174076:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

OPG001:S105L

OPG002

OPG002:S54F

OPG003

OPG003:D264N

OPG016

OPG016:R84K

OPG025

OPG025:A423D

OPG036

OPG036:M1I

OPG042

OPG042:D122N

OPG047

OPG047:R48C

OPG053

OPG053:P78S

OPG056

OPG056:E125K

OPG057

OPG057:E353K

OPG071

OPG071:L108F

OPG072

OPG072:D56N

OPG073

OPG073:R105K

OPG074

OPG074:L56F
OPG074:R665C

OPG092

OPG092:D196N

OPG093

OPG093:S30L
OPG093:D88N

OPG094

OPG094:S80L
OPG094:M142I

OPG098

OPG098:E162K

OPG105

OPG105:D708N
OPG105:S734L

OPG109

OPG109:H740Y

OPG113

OPG113:E831K

OPG118

OPG118:S478L
OPG118:K606E

OPG123

OPG123:E220K
OPG123:P615S

OPG124

OPG124:L16F

OPG133

OPG133:D411N
OPG133:M580I

OPG136

OPG136:D98N
OPG136:S450L
OPG136:V886I

OPG139

OPG139:A17T

OPG145

OPG145:E62K
OPG145:R243Q
OPG145:E435K

OPG150

OPG150:S307L

OPG155

OPG155:Y24F

OPG164

OPG164:S7L

OPG176

OPG176:S52L
OPG176:D140N
OPG176:H221Y

OPG180

OPG180:D59N

OPG189

OPG189:H34Y

OPG193

OPG193:L263F

OPG198

OPG198:S179L

OPG200

OPG200:R69C

OPG210

OPG210:D209N
OPG210:P722S
OPG210:M1741I