This is a preview deployment banner

PPD_005QTR4.1

USA/PPD_005QTR4.1/2026-06-03
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Los Angeles County Public Health Lab microbial pathogen submission group, Los Angeles County Public Health Laboratories

Sample details

Collection date
2026-06-03
Sampling location
USA (California)
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00975/2026

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.2

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2026-07-14
NCBI update date
2026-07-14

Host

Host

Submission details

Submission ID
PZ645920.1
Submitting group
Date submitted
2026-07-16 12:04:36 UTC
Date released
2026-07-16 15:53:00 UTC
Earliest release date
2026-07-14

Alignment and QC

Length
197055 (87.8%)
# of SNPs
97
# of inserted bases
52
# of deleted bases
140
# of unknown bases
24077
# of stop codons
1
Stop Codons
OPG151:7

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • C882T
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C4986T
  • G6324A
  • G12690A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C23564T
  • C24584T
  • G25661A
  • C27826T
Deletions
602-609, 133177-133186, 150560-150568, 169769-169774, 179158-179256, 196610-196617
Insertions
ins_133102:TTT, ins_136554:ATC, ins_173324:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG001:D232N

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG015

  • OPG015:E391K

OPG023

  • OPG023:P71S

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG040

  • OPG040:D299N

OPG043

  • OPG043:E44K

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG049

  • OPG049:D24N
  • OPG049:V29I

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG063

  • OPG063:P120S

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N
  • OPG092:S284F

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG133

  • OPG133:P101H

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG143

  • OPG143:S363L

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG151

  • OPG151:S7*

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG188

  • OPG188:E261K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions

OPG197

OPG197:34, OPG197:35
Insertions

OPG153

ins_OPG153:385:D

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue